Antes de se fazer um estorno de um boleto já enviado ao banco, sempre é bom lembrar que você precisa solicitar a baixa junto ao banco ou pelo próprio internet bank antes de gerar a próxima remessa do mesmo documento para o banco.
Também é feito um estorno, caso tenha tido algum título rejeitado pelo banco. Normalmente as rejeições são pelo motivo de cadastros, por exemplo, endereço sem CEP, endereço sem bairro.
Para fazer um estorno, acesse o menu Cobrança Bancária / Emissão de Boleto Bancário e siga os passos da figura abaixo:
Depois do documento estar estornado, basta entrar novamente na tela de geração de boleto, fazer o filtro marcando a opção Aberto conforme demonstrado abaixo, selecionar o título e gerar novamente a remessa e enviar ao banco.